北京本草方源（亳州）藥業科技有限公司是北京本草方源藥業集團有限公司控股的一家大型的，以中藥飲片加工銷售為主的子公司。“本草方源”取自“本是山中草，方為健康源”之意，即是對我國傳統的中草藥的一種美釋，又是本公司的文化體現。

北京本草方源（亳州）藥業科技有限公司是北京本草方源藥業集團有限公司控股的子公司，于2010年12月選址中華藥都安徽亳州譙城經濟開發區建設廠區，注冊資金7999萬元，實際投資超1.5億元，建筑面積5萬多平方米，廠區花園式綠化，建設有中藥飲片生產線、毒性飲片生產線、食品（含代用茶和茶制品、膏方）生產線。其經營范圍包括中藥材、中藥飲片等生產銷售；食品含茶制品和代用茶，保健食品生產銷售；自營和代理商品的進出口業務等。并在中華藥都亳州“花海大世界”擁有1000畝的中藥材種植基地。主要產品是中藥飲片，有相當高的市場占有率。

公司現有員工130余人，其中科研技術人員30余人，人才結構完整，其中研究生學歷和本科學歷10余人，多人具有執業藥師資格證書。公司質量部下設辦公室，樣品收發室、粉碎室、顯微室、精密儀器室、理化室、標液室、天平室、標本室、試劑室等。

公司斥巨資購進大批先進儀器，現配有Agilent1260型高效液相色譜儀8臺，布魯克GC456型氣相色譜儀1臺，德國耶拿Specord200plus紫外分光光度計，一臺Waters2695型高效液相色譜儀4臺，各類天平10余臺，以及其他各類檢測儀器共50余套。本中心與公司生產能力相適應，能完成年檢中藥材、中藥飲片5000余批次的檢測。

公司自2011年01月成立以來，積極抓生產，促銷售，帶動地方農民增收，經濟效益穩步增加，社會效益明顯提升。至今，公司未發生訴訟、仲裁等法律糾紛，銀行信譽度良好。公司目前日產中藥飲片約10噸，年產中藥飲片約4000噸。目前公司總資產達16688萬元。其中固定資產5558萬元，存貨3500萬元。近兩年產值突破1億元，每年稅收500萬元左右。